Für die antibiotische Therapie von MRE stehen für fast alle derzeit vorkommenden Erreger noch ausreichend Therapieoptionen zur Verfügung. Nur in Einzelfällen treten sogenannte panresistente Erreger auf, für die keine zugelassenen Therapieoptionen zur Verfügung stehen. Die größte Problematik besteht bei Patienten mit unbekanntem Trägerstatus von MRE.