Die Bezeichnung Methicillin-resistent umschreibt eine Kreuzresistenz von MRSA gegenüber allen derzeit auf dem Markt befindlichen Betalactam-Antibiotika (Penicilline, Cephalosporine und Carbapeneme). Die klassischen im Krankenhaus erworbenen MRSA weisen häufig einen oder mehrere zusätzliche Resistenzmechanismen auf. Bei nahezu allen haMRSA findet sich eine Resistenz gegenüber Chinolonen. Resistenzen gegen Makrolide, Tetracycline und Aminoglycoside treten ebenfalls häufiger auf.
Die meisten der derzeit in Deutschland beobachteten caMRSA weisen deutlich weniger Resistenzen auf. Für manche caMRSA-Stämme kann die Resistenz gegen das lokal angewendete Antibiotikum Fusidinsäure als Hinweis genutzt werden.