Grundsätzlich wird zwischen der Therapie einer MRSA- Infektion und der Sanierung von Patienten, bei denen MRSA nur als „Bewohner" der Haut und Schleimhaut auftritt, unterschieden. Die Therapie einer Infektion wird durch den behandelnden Arzt eines Patienten veranlasst. Hierfür wird für jeden Patienten individuell entschieden, welches MRSA-wirksame Antibiotikum eingesetzt wird. Die Sanierung von MRSA-Trägern erfolgt nach einem standardisierten Schema. Hierbei wird eine Nasencreme mit Antibiotika bzw. Desinfektionsmitteln eingesetzt. Gleichzeitig sollte sich der Patient täglich mit desinfizierenden Pflegeprodukten waschen.Die Körperpflege (Zähneputzen, Kämmen) sollten für die Phase der Sanierung mit Einmalartikeln erfolgen. Wichtig ist ebenfalls das während der Sanierungsphase täglich die persönliche Wäsche (Kleidung und Unterwäsche) sowie die Bettwäsche gewechselt und bei mindestens 60 °C bzw. unter Verwendung von desinfizierenden Waschmitteln gewaschen wird.

Grundsätzlich muss bei caMRSA neben der gegebenenfalls durchgeführten chirurgischen Sanierung (z.B. Abszesspaltung) eine begleitende Antibiotikatherapie durchgeführt werden. Durch die in Deutschland relativ selten auftretenden Begleitresistenzen stehen für die Therapie von caMRSA Infektionen günstige und oral verfügbare Therapieoptionen zur Verfügung. Bei Patienten mit einer Reiseanmanese können auch bei caMRSA verschiedene Begleitresistenzen auftreten. Deshalb sollte die endgültige Therapie-Entscheidung anhand des Vorliegens einer antimikrobiellen Resistenztestung erfolgen.

Die Bezeichnung Methicillin-resistent umschreibt eine Kreuzresistenz von MRSA gegenüber allen derzeit auf dem Markt befindlichen Betalactam-Antibiotika (Penicilline, Cephalosporine und Carbapeneme). Die klassischen im Krankenhaus erworbenen MRSA weisen häufig einen oder mehrere zusätzliche Resistenzmechanismen auf. Bei nahezu allen haMRSA findet sich eine Resistenz gegenüber Chinolonen. Resistenzen gegen Makrolide, Tetracycline und Aminoglycoside treten ebenfalls häufiger auf.
Die meisten der derzeit in Deutschland beobachteten caMRSA weisen deutlich weniger Resistenzen auf. Für manche caMRSA-Stämme kann die Resistenz gegen das lokal angewendete Antibiotikum Fusidinsäure als Hinweis genutzt werden.