Neben der Therapie von Infektionen durch MRE stellen Sanierungsversuche von ausschließlich kolonisierten Patienten ein wichtiges Werkzeug zur Übertragung von MRE oder von nachfolgenden Infektionen durch MRE bei MRE-Trägern dar. In Abhängigkeit der Lokalisation des nachgewiesenen MRE zeigen Sanierungsmaßnahmen unterschiedliche Erfolgsraten.
Für die Sanierung von MRSA-Trägern gibt es die höchste Evidenz der zu treffenden Maßnahmen. Grundsätzlich sollte bei jedem Nachweis von MRSA der Versuch einer Sanierung erfolgen. Nach einer erfolglos durchgeführten Sanierungstherapie muss für Patienten im Einzelfall entschieden werden, ob weitere Sanierungsversuche durchgeführt werden oder der Patient als Dauerträger akzeptiert werden muss. Innerhalb von Krankenhäusern kann eine prolongierte Sanierungstherapie mit dem Ziel der Keimlastreduktion während des Krankenhausaufenthaltes sinnvoll sein. Für die Sanierung von Patienten mit Trägerschaft von multiresistenten Erregern im Darm (z. B. ESBL, VRE), gibt es bisher keine gesicherten Empfehlungen zu Sanierungsstrategien.